19 lipca 2006 roku przedłużył kontrakt z zespołem o cztery lata. W połowie grudnia tego samego roku Young doznał kontuzji więzadła kolanowego. Z tego powodu nie grał przez dwa miesiące i na boisko powrócił 24 lutego 2007 roku, kiedy to wystąpił w meczu z West Ham United.
Jednak pod koniec sezonu 2006/2007 klub spadł z ligi i Young otrzymał pozwolenie na odejście z zespołu. Przez cały okres gry w Charltonie Young był podstawowym zawodnikiem i występował na środku obrony u boku takich zawodników jak: Jorge Costa, Mark Fish czy Jonathan Fortune. Łącznie w Charltonie rozegrał 187 spotkań i zdobył 4 gole. Przez pewien czas Young był także kapitanem tego klubu.
Middlesbrough 200px|thumb|Luke Young (z lewej) w barwach Middlesbrough Zawodnikiem zainteresowały się między innymi Portsmouth i Everton, a Young ostatecznie trafił do Middlesbrough. Podpisał czteroletni kontrakt, a zespół ten zapłacił za niego sumę 2,5 miliona funtów. W Middlesbrough Young zadebiutował 26 sierpnia w zremisowanym 2:2 domowym meczu z Newcastle United. Natomiast pierwszego i jedynego gola w barwach nowej drużyny zdobył w potyczce ze swoim pierwotnym klubem, Tottenhamem (1:1). W Middlesbrough spędził jeden sezon rozgrywając w nim 35 spotkań.