W tym samym roku wydział otrzymał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk teologicznych i utworzył stacjonarne studia doktoranckie.
Czasopismo Wydziału W Wydziale wydawane jest czasopismo naukowe Studia Warmińskie.
Kierunki kształcenia Dostępne kierunki: Nauki o rodzinie (studia I i II stopnia) Teologia (studia jednolite magisterskie)
Poczet dziekanów ks. prof. dr hab. Alojzy Szorc (1999–2002) ks. prof. dr hab. Cyprian Rogowski (2002–2008) ks. dr hab. Piotr Duksa (2008–2014) o. dr hab. Jacek Pawlik SVD (2014–2016) ks. dr hab. Marek Żmudziński (2016–2025) ks. dr hab. Adam Bielinowicz, prof. UWM (od 2025)
Władze wydziału W kadencji 2025–2028: Stanowisko Imię i nazwiskoDziekan ks. dr hab. Adam Bielinowicz, prof. UWMProdziekan ds. kształcenia ks. dr Zdzisław KieliszekProdziekan ds. studentów dr Sylwia Mikołajczak
Struktura organizacyjna Katedra KierownikKatedra Filozofii i Prawa Kanonicznego ks. prof. dr hab. Lucjan ŚwitoKatedra Teologii Fundamentalnej, Dogmatycznej i Nauk Biblijnych dr hab. Katarzyna Parzych-BlakiewiczKatedra Teologii Pastoralnej i Katechetyki prof. dr hab. Anna ZellmaKatedra Teologii Moralnej i Nauk o Rodzinie ks. prof. dr hab.