(2013) wskazuje jednak na zupełnie inną filogenezą prządkowatych: według niej najbardziej bazalny jest klad obejmujący Nephilengys i Herennia, w drugim kladzie najbardziej bazalną linią jest Nephila, siostrzana do kladu obejmującego Nephilingis (rodzaj wyodrębniony z Nephilengys), który z kolei jest siostrzany do grupy obejmującej Clitaetra i większość gatunków tradycyjnie zaliczanych do Nephila. Sami autorzy przyznają jednak, że kwestia braku monofiletyzmu Nephila jest dyskusyjna.
Przez większość XX wieku prządkowate były klasyfikowane jako podrodzina krzyżakowatych. Pokrewieństwo prządkowatych wewnątrz grupy Araneoidea nie jest jednak jasne – niektóre analizy sugerowały, że najbliższymi krewnymi prządkowatych są kwadratnikowate, podczas gdy według innych Nephilidae stanowią grupę siostrzaną dla wszystkich pozostałych Araneoidea. Większość nowszych analiz wskazuje jednak, że prządkowate są taksonem siostrzanym dla krzyżakowatych albo nawet, że są zagnieżdżone w obrębie krzyżakowatych. Z tego powodu niektórzy autorzy z powrotem włączają prządkowate do krzyżakowatych jako podrodzinę Nephilinae, co zostało zaakceptowane przez autorów World Spider Catalog.