Do poglądów doketów zbliżyło go twierdzenie, że Chrystus nie miał ludzkich namiętności, a jego duszą kierowało Logos, które łączyło go z ciałem. W swoich pracach Klemens nie rozwijał aspektu zbawienia ludzi przez mękę i śmierć Chrystusa na krzyżu, powtarzał dotychczasowe poglądy apologetów chrześcijańskich na ten temat, dodając do nich właściwy dla siebie mistycyzm. Dla teologa Chrystus był przede wszystkim wszechstronnym nauczycielem, źródłem wiedzy, niecielesnej miłości, prawości i uzdrowicielem rodzaju ludzkiego. Ludzka natura Chrystusa służy człowiekowi za wzór do naśladowania, a poprzez zdobycie wiedzy o Bogu człowiek bierze udział w nieśmiertelności.
Jako przedstawiciel aleksandryjskiej szkoły teologicznej Klemensowi obcy był zachodni pogląd na odpowiedzialność ludzi za grzech Adama. Według niego pierwszy człowiek w zamyśle Bożym miał doskonalić się stopniowo. Ponieważ został przez Stwórcę obdarzony wolną wolą, wybrał przyjemności fizyczne zamiast rozwoju duchowego. Karą za ten wybór było wygnanie z raju, śmiertelność, chwiejność woli i pobłażanie zmysłowości. Adam w tym przypadku był symbolem grzeszności ludzi (choć Klemens uważał go również za postać historyczną). Nowo narodzone dziecko jest obdarzone iskrą Bożą, dopiero świadome wybory określają jego stosunek do Stwórcy.