Wydział jest kontynuatorem działań Katedry Zastosowań Matematyki ART oraz Instytutu Matematyki i Fizyki WSP.
Od 27 kwietnia 2009 Wydziałowi przyznano prawo do nadawania stopnia naukowego doktora w dziedzinie nauk matematycznych w dyscyplinie matematyka. Po uzyskaniu kategorii B+ w 2022 roku Wydział posiada również prawo do nadawania stopnia doktora i doktora habilitowanego oraz prowadzenia postępowań o nadanie tytułu profesora.
Nowa siedziba Wydziału Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie w lipcu 2009 roku podpisał umowę z Polską Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości w ramach projektu „Udoskonalenie infrastruktury i wyposażenia laboratoryjnego nauk technicznych i informatycznych”. Inwestycja na ponad 96 mln złotych realizowana jest ze środków Programu Operacyjnego Rozwoju Polski Wschodniej 2007-2013. W ramach przedsięwzięcia całkowicie od podstaw zbudowane zostały obiekty należące do Regionalnego Centrum Informatycznego (RCI).