Z części utworzono Księstwo Siedmiogrodu, którego pierwszym władcą był Jan Zygmunt Zapolya, wnuk Zygmunta Starego, częścią centralną z Budą zarządzał bezpośrednio (jako prowincją turecką) sułtan Sulejman Wspaniały. Zostało to ustalone postanowieniami pokoju z 1541 między Imperium Osmańskim a Imperium Habsburgów.
Całość terytorium Królestwa Węgier znalazła się pod władzą Habsburgów po pokoju w Karłowicach. Turcja Osmańska wówczas wycofała się z Europy Środkowej, w wyniku następstw klęski w bitwie pod Wiedniem (podczas ostatniej osmańskiej ofensywy w Europie Środkowej) i dalszych klęsk w wojnie toczonej do roku 1699 z Ligą Świętą (Państwo Kościelne, Rzeczpospolita Obojga Narodów, Republika Wenecka i Imperium Habsburgów), do których w 1686 dołączyło Carstwo Rosyjskie. Węgry, które stanowiły osobne królestwo, w 1804 roku weszły jako prowincja do nowo utworzonego Cesarstwa Austrii, na czele którego stanął Franciszek I. W wyniku słabości wewnętrznej i klęski w wojnie z Prusami (1866) Austria zmuszona została do nadania drugiemu pod względem znaczenia narodowi monarchii – Węgrom – statusu współgospodarza i w 1867 powstały Austro-Węgry. Całkowitą samodzielność uzyskano dopiero po I wojnie światowej.