Po Windows 3.11 ukazało się rozszerzenie Windows 3.11 for Workgroups, które obsługiwało już sieć.
Początek braku zgodności z poprzednikami Windows 3.1 był zgodny z poprzednimi wersjami, ale już tylko w pewnym stopniu. Z powodu zarzucenia obsługi trybu rzeczywistego zatracił zgodność z aplikacjami przeznaczonymi dla starszych wersji, a uruchamiającymi się w tym trybie.
Zwiastuny interfejsu współczesnych systemów Windows Pulpit i Uruchom: Niemal wszystkie programy były objęte przez większy program (lub folder) o nazwie Menedżer programów. Dodatkowo miał on pasek menu, dzięki któremu można było m.in.: uruchomić program za pomocą narzędzia Uruchom zamknąć środowisko Microsoft Windows 3x otworzyć pomoc uruchomić Samouczek systemu Microsoft 3x Pasek zadań: W Windows 3.x ikony zminimalizowanych programów były widoczne na pulpicie. Mój komputer: W Windows 3.x istniał Menedżer plików. Windows 3.1 był ostatnim systemem, który nie wykorzystywał menu kontekstowego przypisanego do prawego klawisza myszy. Jednak nie oznacza to, że takie menu nie było dostępne w systemie Windows 3.1 (menu kontekstowe wykorzystywały np.