Podczas gdy Vazquez Mota zaakceptowała wyniki wyborów, López Obrador w dalszym ciągu kwestionował je, występując z oficjalną skargą do sądu. Przez cały lipiec w Meksyku odbywały wielotysięczne demonstracje kwestionujące wygraną Peñy Nieto, w których uczestniczyli również członkowie ruchu Yo Soy 132. 30 sierpnia 2012 sąd wyborczy odrzucił skargi wyborcze Lópeza Obradora, argumentując, że nie dopatrzył się wystarczających dowodów naruszenia prawa i ostatecznie zatwierdził wyniki wyborów ogłoszone przez komisję wyborczą.
1 grudnia 2012 Peña Nieto został uroczyście zaprzysiężony na stanowisku prezydenta Meksyku. Tego samego dnia powołał również 20-osobowy gabinet. 1 grudnia 2018 zakończył swoją sześcioletnią kadencję prezydenta, przekazując władzę Andresowi Obradorowi.
Rodzina W 1993 Enrique Peña Nieto poślubił Monicę Pretelini, z którą ma troje dzieci: Paulinę, Alejandro i Nicole. Żona zmarła jednakże 11 stycznia 2007, w czasie gdy zajmował stanowisko gubernatora, w wyniku niewydolności oddechowej spowodowanej padaczką.
W 2008 Peña Nieto publicznie przyznał się do związku z aktorką telewizyjną Angélicą Riverą, która była w tamtym czasie zamężna.