W latach siedemdziesiątych XI wieku miasto, wraz z większością azjatyckich prowincji cesarstwa, przejściowo zajęli Seldżucy. Odzyskano je już w 1097, dzięki sukcesom I krucjaty.
W pierwszych latach panowania cesarza Izaaka II Angelosa w mieście wybuchło powstanie pod wodzą Teodora Mankafasa. Zdołano je jednak szybko stłumić.
Po zajęciu Konstantynopola w 1204 przez uczestników IV krucjaty Filadelfia weszła w skład Cesarstwa Nicejskiego.
W XIV w. miasto było wielokrotnie oblegane przez Turków. W 1304 przed upadkiem uchronił je Roger de Flor na czele Kompanii Katalońskiej. Filadelfia była ponownie oblegana w 1307 i 1324. Pod koniec XIV wieku stała się ostatnim bastionem bizantyńskim w zachodniej Anatolii.
Miasto upadło w 1391 r., kiedy zajął je sułtan Bajazyd I. W oblężeniu musiał uczestniczyć syn cesarza Jana V Paleologa – Manuel II Paleolog, przebywający w obozie tureckim jako zakładnik.
Filadelfia/Alaşehir w państwie osmańskim Przez cały okres imperium osmańskiego w mieście mieszkała znacząca społeczność grecka. Miasto znalazło się przejściowo pod kontrolą tych ostatnich w trakcie wojny grecko-tureckiej w latach 20. XX wieku. Wojska greckie zajęły je w trakcie letniej ofensywy w 1920 r. Filadelfia została ponownie zajęta przez Turków w wyniku tzw.