Każdy Robot Master znajduje się na końcu etapu wypełnionego przeciwnikami, zazwyczaj stanowiącego "rozgrzewkę" która ma za zadanie przygotować gracza do walki z robotem. Każdy z nich znajduje się w małej komnacie poprzedzonej zamykanym korytarzem. Każdy z robotów ma broń, która jest słabością innego robota. Dzięki temu różne kolejności ich pokonywania mogą uczynić rozgrywkę łatwiejszą lub trudniejszą. Gdy wszyscy Robot Masters zostaną pokonani, gracz ma możliwość zmierzenia się z Dr. Wilym w jego zamku. Etap ten składa się od z czterech poziomów, na których końcu znajduje się boss. Po pokonaniu doktora on poddaje się i następuje koniec gry.
Porównanie do serii Gra różni się od pozostałych z serii. Posiada tylko 6 Robot Masters, gdy reszta gier ma ich ośmiu (Dopiero w remake’u jest ich ośmiu). Gra posiada także inne grafiki power-upów niż reszta 8-bitowych gier. Mega Man to także jedyna gra z serii która posiada licznik punktów. Sposób rozgrywki „na punkty” był bardzo popularny na automatach arcade, więc prawdopodobnie dlatego licznik znalazł się w Mega Manie.