Historia Kaplica powstała w latach 80. XIII wieku (w latach 1288–1293) w wyniku wzniesienia nowego, murowanego zamku. Obiekt wybudowany został prawdopodobnie na miejscu romańskiej rotundy. Wskazywały na to prace archeologiczne prowadzone w latach 60. i 80. XX wieku w kaplicy. Poprzednia świątynia była prawdopodobnie pod wezwaniem Jana Chrzciciela, które następnie zostało przeniesione na wzmiankowany w 1307 r. kościół na Ostrogu. Wzniesiona została około XII wieku przez Mieszka Plątonogiego. Fundacja nowej świątyni nie mogła jednak nastąpić później niż w 1292 r., po czym przystąpiono do budowy obiektu, którą sfinansował Przemysław raciborski. Aktu poświęcenia najprawdopodobniej dokonał Tomasz II, który w tym czasie schronił się w Raciborzu przed księciem Henrykiem IV Probusem. Jednakże dokładna data konsekracji tej świątyni nie jest znana. W 1288 r. biskup wrocławski Tomasz II ufundował przy kaplicy zamkowej kolegiatę, która była wyrazem wdzięczności za okazaną gościnność. Wydarzenie to zostało opisane przez Jana Długosza w Rocznikach czyli kronikach sławnego Królestwa Polskiego.