W 1519 r., w wyniku pożaru jaki wybuchł na zamku, największe szkody poniosła kaplica, runęła wtedy ściana południowa oraz sklepienia. Po pożarze w 1519 r. odbudowano zawaloną ścianę południową, a także sklepienia, gdzie obniżono poziom kondygnacji górnej. Oprócz tego od strony południowej dobudowano zakrystię. Po przejściu zamku w ręce Austriaków w kaplicy nadal odbywały się msze św. O tym fakcie wspomina Augustyn Weltzel.
Do kaplicy co roku podążały cztery uroczyste procesje z relikwiami męczennika. Pierwsza odbywała się 29 grudnia, kiedy przypadało wspomnienie patrona, św. Tomasza. Druga procesja podążała do kaplicy we wtorek w Dni Krzyżowe lub Wielki Czwartek, natomiast trzecia w przeddzień wspomnienia św. Jana Chrzciciela. Ostatnia przypadała na dzień wspomnienia św. Marcelego, patrona Raciborza i ustanowiona została na pamiątkę ufundowania kolegiaty. Jednak przypadają w dzień targowy odbywała się wokół rynku do klasztoru Dominikanów. Kiedy zamek był własnością osób innego wyznania niż katolicyzm, m.in. Jerzego von Brandenburga, Jana Zygmunta Bathori i Bethlena Gabora, to nie można było odprawiać mszy św. w kaplicy. W latach 1542–1629 nie odbywały się także procesje, poza procesją w Boże Ciało, która odbywała się w obecności uzbrojonych mieszczan i poddanych kapituły. Urbarz z 1595 r.