Puchar Świata w lotach narciarskich 1998/1999 – 9. edycja Pucharu Świata w lotach narciarskich (stanowiącego część Pucharu Świata w skokach narciarskich), która została rozegrana w dniach 19–21 marca 1999 w Planicy.
Kalendarz zawodów Lp.DataMiejscowośćPunkt KUwagi1. miejsce2. miejsce3. miejsce6 lutego 1999 HarrachovK-185Zawody odwołane z powodu braku możliwości naśnieżenia zeskoku.colspan=3 7 lutego 1999colspan=3 1.19 marca 1999 PlanicaK-185Konkurs dodatkowy w miejsce odwołanego konkursu 7 lutego. Martin Schmitt Kazuyoshi Funaki Christof Duffner2.20 marca 1999– Hideharu Miyahira Martin Schmitt Noriaki Kasai3.21 marca 1999 Noriaki Kasai Hideharu Miyahira Martin Schmitt Puchar Świata w lotach narciarskich 1998/1999 – klasyfikacja końcowa Martin Schmitt Noriaki Kasai Hideharu Miyahira