Organami kierującymi działalnością służby duszpasterskiej wyznania ewangelicko-augsburskiego byli: wojskowy senior wyznania ewangelicko-augsburskiego, czyli szef Głównego Wojskowego Urzędu Duszpasterskiego Wyznania Ewangelicko-Augsburskiego i podlegli mu proboszczowie, jako szefowie duszpasterstwa tego wyznania przy okręgach korpusów. Kapelani wojskowi i kapelani pomocniczy pełnili rolę organów wykonawczych. W zakresie spraw kościelnych, przewidzianych obowiązującymi przepisami dla kościoła ewangelicko-augsburskiego w Polsce, wszyscy ewangelicko-augsburscy duchowni wojskowi podlegali wojskowemu seniorowi wyznania ewangelicko-augsburskiego, przez odpowiednich swoich przełożonych duchownych. Przepisy personalne Wojska Polskiego odnosiły się również do służby duszpasterskiej wyznania ewangelicko-augsburskiego.
Centralne organy służby duszpasterskiej wyznania ewangelicko-augsburskiego Ogólne kierownictwo służby duszpasterskiej wyznania ewangelicko-augsburskiego, pod względem wojskowym i administracyjnym spoczywa w ręku ministra spraw wojskowych, który swą władzę w tym kierunku sprawuje przez szefa Wydziału Wyznań Niekatolickich.