Wnętrze utrzymane w tonacji biało złotej o wystroju rokokowym. W środku organy wykonane w latach 1732–1739 przez Englera z prospektem rzeźbionym przez A. Dorazila, stalle, freski nad stallami przedstawiają sceny ze Starego Testamentu. W kolebkowym sklepieniu nawy głównej freski przedstawiające sceny z życia Chrystusa i Jego Matki oraz epizody z historii zakonu cystersów – dzieło J. Neunhertza, w nawie poprzecznej obrazy m.in. M. Willmanna („12 Sybilli i 12 Proroków”) i P. Brandla. Sanktuarium maryjne (w ołtarzu głównym otoczony kultem obraz „Madonna z Dzieciątkiem” z I połowy XIII wieku – najstarszy obraz maryjny w PolsceIvo Kořán, Madonny obrończynie czeskich klasztorów a słynący łaskami obraz Panny Marii w Krzeszowie,[w:] H. Dziurla i K. Bobowski, Krzeszów uświęcony łaską, Wyd. Uniwersytetu Wrocławskiego, Wrocław 1997 r., s. 24-25. , ufundowany prawdopodobnie przez fundatora klasztoru – Bolka I i ukoronowany papieskimi koronami przez Jana Pawła II w Legnicy 2 czerwca 1997, pochodzi ze szkoły włosko-bizantyjskiej i jest umieszczony w bogato ornamentowanej ramie). Za prezbiterium, we wzniesionej w latach 1735–1747 kaplicy o rokokowym wnętrzu, znajduje się mauzoleum Piastów Śląskich: Bolka I i Bolka II (XIV wiek). 29 września 2013 kanał TVP Polonia przeprowadził transmisję mszy świętej.