Działalność zawodowa Do Warszawy wrócił na przełomie lat 50. i 60. XIX w. Został kierownikiem warsztatu złotniczego Karola Malcza; w 1864 przejął zakład na własność (Teodor Werner był bowiem bratankiem żony Malcza – Rozyny z Wernerów). Przeniósł wówczas zakład na Krakowskie Przedmieście nr hip. 412a. Już wtedy wymieniano Wernera wśród złotników należących do cechu. Swoje wytwory sygnował znakiem firmowym K. Malcza: kotwicą w owalnym polu. W 1865 Teodor Werner odkupił od swego teścia – Wincentego Konstantego Norblina – w 1/4 części fabrykę wyrobów platerowanych w Warszawie przy ul. Chłodnej 3 (nr hip. 933); 1/4 cześć nabyła żona Teodora Wernera – Albertyna z Norblinów, a w pozostałej 1/2 części Ludwik Norblin (1836-1914), syn sprzedającego – brat Albertyny. Warunki transakcji były sprzyjające dla nabywców: Norblin obniżył cenę sprzedażną do 100 tys. rubli, a spłatę długu rozłożył na raty wynoszące 5 tys. rubli rocznie. Po śmierci Wincentego Konstantego Norblina w 1872 na mocy testamentu, warunki spłaty stały się jeszcze bardziej korzystne. Po zakupie fabryki Werner wszedł w spółkę z Ludwikiem Norblinem. Jednak oba przedsiębiorstwa prowadziły wydzieloną produkcję: zakład Norblina – wytwarzał wyroby platerowane, a zakład Wernera wyłącznie srebrne. Także w ogłoszeniach reklamowych Teodor Werner.