Na rewanż Azerowie przyjechali do Finlandii pewni siebie, co potem okazało się chybnie ponieważ przegrali 0:3 i zakończyli Europejskie Puchary na drugiej rundzie eliminacji Pucharu Intertoto.
W lecie 2004 wszystkie prawa do klubu Xəzər Universiteti zostały przeniesione do nowo utworzonego Football Club International Baku.
W sezonie 2006/2007 klub powtórzył wynik z sezonu 2003/2004 i zajął 4. miejsce. Jednak to w sezonie 2007/2008 İnter osiągnął najlepszy wynik w lidze i wygrał Premyer Liqa z ilością 58 pkt. İnter zaczął stawać się liczącą drużyną w lidze azerskiej. Bo już w następnym sezonie 2008/2009 zajął 2. miejsce i otrzymał prawo gry w Lidze Europy.
W sezonie 2008-09 w pierwszej turze eliminacji do Ligi Mistrzów, İnter Baku spotkał się z macedońskim FK Rabotniczki Skopje u siebie z którym zremisował bezbramkowo, a następnie w Macedonii zremisował 1:1 i awansował dalej. Zadecydowała o tym większa ilość strzelonych goli na wyjeździe.
İnter Baku przystąpił do drugiej rundy w której spotkał się z Partizanem Belgrad. Pierwszy mecz odbył w Baku, tam İnter zremisował 1:1, jednak w meczu rewanżowym na wyjeździe przegrał 0:2.