Po klęsce powstania styczniowego w roku 1863 za przynależność do organizacji rewolucyjnej skazany został wyrokiem audytoriatu polowego, pozbawiony wszystkich praw stanowych i zesłany na roboty katorżnicze w kopalniach Syberii na 12 lat.
Zesłanie W roku 1864 Wiktor Godlewski został przerzucony na Syberię. 9 lutego przybył do Irkucka gdzie 28 lutegoPaństwowe Archiwum Obwodu Irkuckiego, z. 24, inw. 3, nr 32, k. 64. skierowany został do kopalni Pietrowskiej. Już tam, wraz ze współwięźniem Alfonsem Parvex, rozpoczął zbierać ptaki fauny daurskiej, łowiąc je przy gniazdach na sidła. Następnie, już po zwolnieniu z ciężkich robót, wraz z Benedyktem Dybowskim prowadził badania fauny i flory oraz środowiska przyrodniczego Syberii w latach 1864-1877.
Godlewski wraz z Dybowskim dokonali pierwszego pomiaru głębokości południowej niecki jeziora Bajkał. Zastosowali własną metodę wagową, dzięki której w roku 1871 określili głębokość na 1373 mGabryjel Brzęk, Benedykt Dybowski, Wydawnictwo Lubelskie, Lublin 1981, s. 448.. Późniejsze pomiary kierowane przez Gleba Wiereszczagina (dyrektora Bajkalskiej Stacji Limnologicznej Akademii Nauk ZSRR) określiły głębokość na 1419 mL.L. Rossolimo, Bajkał, PWN, Warszawa 1969, s. 224..