W 1966 rozpoczął studia historyczne w Instytucie Historycznym na Wydziale Historycznym Uniwersytetu Warszawskiego. Podczas studiów należał do rady wydziałowej Zrzeszenia Studentów Polskich, zaangażował się w działalność opozycyjną, był założycielem Ligi Niepodległościowej. W lutym 1968 zbierał podpisy pod listem do Sejmu PRL przeciw zdjęciu ze sceny Teatru Narodowego Dziadów Adama Mickiewicza w reżyserii Kazimierza Dejmka. Był uczestnikiem strajków studenckich w marcu 1968, za co był tymczasowo aresztowany od 28 marca do 3 sierpnia 1968, a w związku z tym został następnie zawieszony w prawach studenta. W książce Anatomia buntu. Kuroń, Modzelewski i komandosi (2010) Andrzej Friszke na podstawie materiałów IPN stwierdził, że w marcu 1968 Antoni Macierewicz miał obciążać w śledztwie innych działaczy opozycji, w tym Wojciecha Onyszkiewicza. Antoni Macierewicz wbrew wcześniejszym deklaracjom ostatecznie nie pozwał Andrzeja Friszkego. Po wydarzeniach grudniowych na Wybrzeżu w 1970 zorganizował akcję pomocy, polegającą na oddawaniu krwi dla ofiar.