W tym czasie publikował artykuły na łamach czasopisma „Etnografia Polska” oraz nauczył się języka keczua. W styczniu 1976 wszczęto na jego rzecz przewód doktorski pod kierunkiem profesora Tadeusza Łepkowskiego, który został przerwany w połowie października 1976 z powodu zaangażowania Antoniego Macierewicza w działalność Komitetu Obrony Robotników. Ponadto z powodu działalności opozycyjnej została zablokowana publikacja jego książki pt. Ameryka Łacińska w krzywym zwierciadle oraz planowany wyjazd do Argentyny w celu prowadzenia badań archiwalnych.

Po pacyfikacjach wystąpień robotników w okresie czerwca 1976, wraz z członkami KOR, organizował akcję niesienia pomocy represjonowanym robotnikom Radomia, Ursusa, Płocka, Nowego Targu i Grudziądza. Wraz z niektórymi dawnymi harcerzami Czarnej Jedynki współtworzył konspiracyjną strukturę, która zajmowała się zbieraniem pieniędzy, udzielaniem pomocy prawnej i lekarskiej represjonowanym. We wrześniu 1976 był jednym z założycieli Komitetu Obrony Robotników i współautorem pierwszego apelu KOR. Rozpoczął następnie wydawanie „Komunikatu KOR-u”. Blisko współpracował wówczas z Jackiem Kuroniem i Adamem Michnikiem. W maju 1977 brał udział w organizowaniu manifestacji w Krakowie upamiętniającej śmierć studenta Uniwersytetu Jagiellońskiego Stanisława Pyjasa.