Stan czystości wód Jeziora Jezuickiego był badany przez Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Bydgoszczy w 1992, 2001 i 2007 roku. W 1992 i 2001 r. stwierdzono III klasę czystości wód w basenie głównym i II klasę w izolowanej zatoce północno-wschodniej. Natomiast badania w 2007 r. stwierdziły dobry stan wód powierzchniowych. Jedynym parametrem zakwalifikowanym jako słaby był poziom tlenu w wodzie. Nie stwierdzono intensywnego rozwoju w jeziorze w okresie letnim sinic – organizmów uważanych za szczególnie uciążliwe przy rekreacyjnym wykorzystywaniu zbiorników wodnych.
Główne zagrożenie dla wód jeziora stanowi antropopresja: rekreacja i intensywna zabudowa letniskowa jego obrzeży, wraz ze sposobem prowadzenia gospodarki ściekowej na tych terenach. Dlatego szczególną wagę posiada ochrona zlewni jeziora przed zanieczyszczeniami, gdyż nie jest możliwe zmniejszenie jego znaczenia turystycznego.