W Arminii grał jeszcze przez rundę jesienną sezonu 1999/2000.
Na wiosnę 2000 roku Bageri wrócił do Iranu, do Persepolis, ale został sprzedany do Al-Nasr Sports Club ze Zjednoczonych Emiratów Arabskich. Latem odszedł do angielskiego Charltonu Athletic za 400 tysięcy funtów. Nie znalazł jednak uznania w oczach menedżera Alana Curbishleya i rozegrał zaledwie jedno spotkanie w Premiership. Dlatego też w 2001 roku wyjechał do katarskiego Al-Sadd i przez dwa sezony występował na boiskach Q-League.
W 2003 roku Bageri znów został zawodnikiem Persepolis. W 2006 roku dotarł z nim do finału Pucharu Hazfi, czyli Pucharu Iranu, a rok później zajął 3. miejsce w irańskiej lidze. Z kolei w sezonie 2007/2008 wywalczył tytuł mistrza kraju, pierwszy dla Persepolis od 2002 roku. W 2010 roku zakończył karierę.