Jeśli w Unii Europejskiej powstanie powszechny system internalizacji tych kosztów, ustalone opłaty będą po prostu pomniejszały zysk brutto przedsiębiorstw, co może spowodować ogólny wzrost cen usług transportowych na rynku (niezależnie od wzrostu cen paliw i innych wrażliwych na koniunkturę czynników produkcji transportowej). Koszty alternatywne (opportunity costs) również nie stanowią kosztów operacyjnych i kosztów uzyskania przychodów przedsiębiorstw transportowych, a mogą być ustalone jako dodatkowa informacja dla przedsiębiorstw pokazująca, o ile się różni ich realny zysk operacyjny od potencjalnego zysku ekonomicznego. Z reguły zysk ekonomiczny jest niższy od zysku księgowego o wysokość utraconych możliwości w stosunku do alternatywy najlepszego zaangażowania posiadanego kapitału.
W analizie operacyjnych kosztów księgowych transportu elementarne znaczenie mają klasyfikacje wyróżniające koszty: całkowite i jednostkowe przeciętne oraz jednostkowe krańcowe (ang. total costs (TC), average total costs (ATC) oraz marginal costs (MC)), rodzajowe (ang. by the nature of the item, natural classification), kalkulowane według zachowania – koszty w krótkim i długim czasie (ang. period costs) i zmienne w zależności od wielkości produkcji: stałe, względnie stałe i zmienne (ang.