Jednocześnie w latach 1989–1994 i 1997–1999 zasiadała w radzie miejskiej Rygi.
Jako że ordynacja z 2004 zezwoliła na kandydowanie dawnym członkom Komunistycznej Partii Łotwy w wyborach do Parlamentu Europejskiego, wystartowała, uzyskując mandat eurodeputowanej z ramienia ugrupowania O Prawa Człowieka w Zjednoczonej Łotwie (PCTVL), którego była współprzewodniczącą. Formacja zdobyła wówczas 10,66% głosów, co przełożyło się na jeden mandat, który przypadł właśnie Tatjanie Ždanoce. W PE zasiadła we frakcji Zielonych i Wolnego Sojuszu Europejskiego. Tatjana Ždanoka stała się postacią budzącą na Łotwie liczne kontrowersje: jedni uznali ją za osobę bezkompromisowo broniącą praw mieszkających w kraju członków rosyjskojęzycznej mniejszości, inni zaczęli oskarżać o wielkoruski szowinizm i działanie z inspiracji Kremla w celu rozbijania jedności państwa łotewskiego.
W 2005 została przewodniczącą Federacji Partii Rosjan w Unii Europejskiej, skupiającej organizacje mniejszości rosyjskiej działające na terenie UE, w tym koalicję O Prawa Człowieka w Zjednoczonej Łotwie. 12 maja 2005 jako jedyna przedstawicielka państw bałtyckich głosowała przeciwko rezolucji Parlamentu Europejskiego potępiającego ich aneksję przez ZSRR.