Hans-Joachim Scherer (ur. 14 maja 1906 w Bydgoszczy, zm. 16 kwietnia 1945 w Landshut) – niemiecki neuropatolog. Uważany za pioniera badań nad neuropatologią glejaków.
Życiorys Uczęszczał do gimnazjum w Magdeburgu, od kwietnia 1925 roku studiował medycynę w Monachium. W 1930 roku zdał egzaminy państwowe. Następnie pracował w Instytucie Patologii w Monachium-Schwabing u Siegfrieda Oberndorfera, razem z przyjacielem ze szkoły Ernstem Scharrerem. W 1930 roku przedstawił dysertację na temat fałdów śluzówki żołądka. W tym samym roku otrzymał stypendium Rockefellera i rozpoczął kurs neuropatologii u Walthera Spielmeyera w Niemieckim Instytucie Psychiatrii (Deutschen Forschunganstalt für Psychiatrie) w Monachium. W lipcu 1931 roku przeniósł się do Instytutu patologii przy Klinice Charité w Berlinie, gdzie pracował z Robertem Rösslem. W sierpniu 1933 roku został aresztowany razem z przyjacielem Leonidem Doljanskim i Henrym Robackiem przez Gestapo. Po kilku dniach został zwolniony; wtedy uciekł z Niemiec do Paryża, potem do Antwerpii, gdzie Ludo van Bogaert ofiarował mu stanowisko kierownika laboratorium w Instytucie Bunge.