Johann Crato von Krafftheim (niem. Johannes Krafft; również: Crato von Crafftheim; łac. Johannis Cratonis; ur. 22 listopada 1519 we Wrocławiu – zm. 19 października 1585 tamże) – niemiecki humanista, lekarz związany z Wrocławiem, nadworny medyk trzech cesarzy z rodu Habsburgów.
Urodził się jako Johann Krafft. Był synem wrocławskiego rzemieślnika Christopha Kraffta. Uczył się we wrocławskich gimnazjach św. Elżbiety i św. Marii Magdaleny. Dzięki przyznanemu mu przez radę miejską Wrocławia rocznego stypendium w wysokości 20 guldenów w 1535 rozpoczął w Wittenberdze studia teologiczne pod kierunkiem samego Marcina Lutra, zakończone uzyskaniem magisterium w 1542 r.
Od 1546 r. studiował medycynę w Padwie pod kierunkiem słynnego Giovanniego Battisty Monte. Po uzyskaniu doktoratu wraz ze swymi przyjaciółmi Johannem Baptystą Hainzelem i Paulem Hainzelem odbył podróż po Italii, w czasie której przez krótki czas praktykował jako lekarz w Weronie.
W 1550 r. wrócił do swego rodzinnego Wrocławia, gdzie podjął praktykę lekarską. W tym samym roku zawarł związek małżeński z córką miejskiego pisarza Johannesa Scharfa von Werd. Ze związku tego urodził mu się syn i dwie córki.