Operacje na plikach WinSCP umożliwia wszystkie podstawowe operacje na plikach. Najważniejszymi są pobranie pliku ze zdalnego komputera oraz wysłanie go tamże. Ponadto pozwala na zmianę nazw plików i folderów, tworzenie nowych folderów, zmienianie ich właściwości oraz tworzenie linków symbolicznych i skrótów.
Jeden z dwóch interfejsów graficznych pozwala nawet na modyfikowanie plików.
Połączenie ze zdalnym komputerem Z pomocą WinSCP można połączyć się z serwerem SSH (Secure Shell) za pomocą protokołu SFTP (SSH File Transfer Protocol) lub SCP (Secure Copy Protocol), przede wszystkim do maszyn z systemami Unix. SFTP jest standardową częścią pakietu SSH-2. SCP jest standardową częścią pakietu SSH-1. Oba protokoły mogą również działać na późniejszej wersji SSH. WinSCP obsługuje SSH-1 i SSH-2. Program obsługuje również protokół FTP.
Interfejs programu Można wybrać i skonfigurować jeden z dwóch interfejsów programu.