Od 1 czerwca 1945 podjął pracę ponownie w Szpitalu Wolskim w Warszawie.
Okres powojenny thumb|Prof. Stefan Wesołowski z fotografią przedstawiającą spotkanie z Janem Pawłem II; Warszawa 26 sierpnia 2008 thumb|Prof. Stefan Wesołowski otrzymuje z okazji 100-lecia urodzin pamiątkową szablę od Kierownika Urzędu do Spraw Kombatantów i Osób Represjonowanych Janusza Krupskiego, Warszawa 26 sierpnia 2008 Od 1947 był sekretarzem Komitetu Organizacyjnego Polskiego Towarzystwa Urologicznego (od 1949 r. sekretarzem Towarzystwa, a w latach 1960–1962 – jego prezesem). W latach 1948–1950 był adiunktem organizującej się Kliniki Urologii Wydziału Lekarskiego UW. Od 1950 do 1953 pełnił funkcję zastępcy ordynatora oddziału urologicznego w Szpitalu Miejskim nr 1 w Warszawie-Czystem. Od 1951 do 1962 był ordynatorem Oddziału Urologii Szpitala Wolskiego (utworzonego jako jeden z pierwszych w Polsce;