Żeński układ rozrodczy składa się z jajnika i żółtka, połączonych ze sobą, leżących po brzusznej stronie żołądka. Na tle jelita widoczny jest krótki jajowód uchodzący do kloaki. Samce są znacznie mniejsze i prościej zbudowane od samic. U wielu gatunków i w grupie Bdelloidea samce nie zostały dotychczas odkryte. Samce, jeżeli występują, pojawiają się tylko co pewien okres i to bardzo nieliczne.
Klasyfikacja biologiczna Tradycyjnie wrotki zaliczane były (w randze gromady lub podtypu) do typu obleńców (Nemathelminthes). Aktualnie zazwyczaj traktowane są jako osobny typ, w którym wyróżniono dwie gromady:
Gromada Eurotatoria (parafiletyczna) Podgromada Bdelloidea Podgromada Monogononta
Gromada Pararotatoria Rząd Seisonidea
Czasem wyróżnia się też formy kuliste Sphaeroida, ale gromada ta zawiera tylko jeden gatunek – trochosferę.
Molekularne dane wskazują, że Rotifera jest grupą parafiletyczną. Podgrupę wrotków bowiem tworzą kolcogłowy (Acanthocephala). Razem z kolcogłowami wrotki tworzą grupę monofiletyczną (klad), zwany na przykład „Syndermata”.
Jedna z nowszych hipotez zakłada wspólne pochodzenie wrotków, kolcogłowów i szczękogębych. Zwierzęta te tworzą klad Gnathifera.