Po zajęciu Smoleńska przez wojska niemieckie latem 1941 r. został wyznaczony jego burmistrzem, ale zrezygnował z tej funkcji. Od lipca tego roku był zastępcą burmistrza Borysa G. Mienszagina. 1 października 1942 roku stanął na czele reaktywowanego przez Niemców Smoleńskiego Seminarium Pedagogicznego. Zatrudniał w nim wielu młodych ludzi i byłych jeńców wojennych, ratując przed wysłaniem na roboty przymusowe w Rzeszy. Po wyzwoleniu Smoleńska przez Armię Czerwoną 25 września 1943 r. był przesłuchiwany przed komisją ds. zbrodni katyńskiej pod przewodnictwem prof. Nikołaja Burdenki. Władze sowieckie nie aresztowały go. W lutym 1944 r. przyjechał do Nowosybirska, gdzie został wykładowcą astronomii na katedrze astronomii, dziekanem wydziału fizyczno-matematycznego i szefem katedry geodezji miejscowego uniwersytetu. Jednocześnie wykładał też w Nowosybirskim Instytucie Inżynierów Geodezji i Kartografii. Po zakończeniu wojny w 1946 r. jako świadek strony sowieckiej na procesie norymberskim oskarżał Niemców o dokonanie zbrodni katyńskiej. Jego wystąpienie było jednak najsłabszym ogniwem sowieckiej manipulacji, gdyż nie pochodziło z autopsji, lecz z informacji uzyskanych od osób trzecich. Ponadto jego zeznania robiły wrażenie przygotowanych wcześniej i wyuczonych na pamięć, co było prawdą.