Co roku odbywał się nowy WWE Draft, podczas którego brandy wymieniały się zawodnikami.
Podczas Brand Lottery w 2005, WWE Champion John Cena został przeniesiony ze SmackDown do Raw, zaś World Heavyweight Champion Batista przeszedł z Raw do SmackDown.
Jesienią 2005, transmisja SmackDown została przeniesiona z czwartkowych wieczorów na piątki. Wkrótce zaczęto też używać nazwy „Friday Night SmackDown!”.
W styczniu 2006, Batista zrezygnował z World Heavyweight Championship z powodu kontuzji tricepsu. Generalny Menedżer SmackDown Theodore Long ogłosił Battle Royal o zawieszony tytuł. Walkę wygrał Kurt Angle, ówczesny członek brandu Raw. Po zwycięstwie, Angle został przeniesiony do SmackDown.
9 czerwca 2006, komentator Tazz opuścił brand SmackDown i dołączył do ECW. Do stołka komentatorskiego SmackDown dołączył JBL. JBL porzucił posadę komentatora w grudniu 2007. Zastąpił go Jonathan Coachman. Rok później, WWE zwolniło Coachmana i zastąpiło go Mickiem Foleyem.
Zmiany kanałów telewizyjnych (2006–2010) The CW (2006–2008) thumb|200px|Set SmackDown z pięścią nad wejściem, używany w latach 2001–2008. 22 września 2006, Friday Night SmackDown zadebiutowało na The CW.