Juan Ignacio Molina (ur. 24 czerwca 1740 w Guaraculén w regionie Maule w Chile, zm. 12 września 1829 w Bolonii we Włoszech) – chilijski jezuita i naturalista.
Życiorys Molina urodził się w Guaraculén, dużej farmie w pobliżu Villa Alegre w regionie Maule w Chile (obecnie prowincja Linares). Rodzice nazywali się Agustín Molina i Francisca González Bruna. Pobierał nauki w Talca, a następnie w Kolegium Jezuickim w Concepción. Gdy w 1768 jezuici zostali wyrzuceni z Chile, przeniósł się do Bolognii we Włoszech, gdzie pracował jako wykładowca historii naturalnej. W roku 1782 wydał drukiem Saggio sulla Storia Naturale del Cile, które było pierwszym naukowym opisem fauny i flory Chile. Wiele gatunków zostało w ten sposób po raz pierwszy opisanych naukowo. Dzieło to zostało przetłumaczone na francuski, hiszpański, niemiecki i angielski.
Mieszkając we Włoszech Molina badał również Parco dei Gessi Bolognesi, opisując jego strukturę geologiczną i walory naturalne. W 1821 opublikował w Bolonii Memorie di Storia Naturale. Badacz zmarł mając blisko 90 lat.
W 1834 jedno z chilijskich miast zostało nazwane jego imieniem.