Po podboju Istrii przez Longobardów, Kvarner stał się dla cesarstwa strategicznym obszarem na drodze wodnej do Wenecji. Pod koniec X wieku wyspy dostały się pod panowanie Republiki Weneckiej. W XI wieku na krótko zostały opanowane przez Margrabstwo Istrii. W XI i XII wieku najważniejszym ośrodkiem gospodarczym regionu była wyspa Rab. W latach 1469–1470 wyspy zostały opanowane przez Królestwo Węgier pod rządami Macieja Korwina.
Na mocy pokoju w Leoben z 1797 roku Austria uzyskała wszystkie pozostałe posiadłości weneckie na obszarze Kvarneru. W latach 1809–1813 Kvarner był częścią francuskich Prowincji Iliryjskich, po czym wrócił pod panowanie austriackie. W wyniku zawarcia ugody węgiersko-chorwackiej w 1868 roku Kvarner nie znalazł się w granicach Trójjedynego Królestwa Chorwacji, Slawonii i Dalmacji, stanowiąc wraz z Fiume jednostkę wydzieloną.
Po I wojnie światowej wyspy Kvarneru wraz z Fiume zostały zajęte przez wojska włoskie. W 1920 roku na mocy traktatu w Rapallo wyspy Kvarneru zostały podzielone pomiędzy Królestwo Włoch (Cres, Lošinj) a Królestwo Serbów, Chorwatów i Słoweńców.