Komendantem ośrodka była generał Janis Karpinski.
W kwietniu 2004 roku media opublikowały zdjęcia, zrobione przez żołnierzy amerykańskich – strażników w Abu Ghurajb – przedstawiające rozebranych i upokarzanych więźniów, często w towarzystwie uśmiechających się żołnierzy amerykańskich. W maju 2004 roku amerykański dziennikarz Seymour Hersh w tygodniku „The New Yorker” ujawnił rozliczne przypadki torturowania więźniów przez amerykańskich żołnierzy, powołując się na tajny raport generała Antonia Taguby. Do tortur należało m.in.: pobicia (w tym śmiertelne), skakanie po ranach postrzałowych, oblewanie kwasem fosforowym, okładanie rannych metalową pałką, uderzanie więźniem o mur, rażenie prądem, szczucie psami, tzw. „pająk” – związywanie razem (sześciu) stojących więźniów przy pomocy sznura, za narządy płciowe i popychanie jednego z nich, wiązanie kończyn i penisów drutem, a następnie przeciąganie po podłodze, wahadło, wkładanie przedmiotów w odbytnicę, gwałty (również na niepełnoletnich), oddawanie moczu na więźniów, poniżanie seksualne, straszenie śmiercią, zmuszanie do leżenia na sobie i stania wielu godzin w tej samej pozycji z workiem na głowie itd.
Aby skruszyć niektórych więźniów, torturowano członków ich rodzin, w tym niepełnoletnie dzieci.