1 sierpnia 2008 zadebiutował w Letnim Grand Prix, zdobywając pierwsze punkty, za 28. miejsce w Einsiedeln. Jego sukcesem było zajęcie 3. miejsca w konkursie Letniego Grand Prix 30 sierpnia 2008 w Zakopanem. W drugim konkursie, który odbył się w tym samym dniu był dwunasty.
W sezonie 2008/2009 powrócił do Pucharu Świata, jednak trzykrotnie nie awansował do konkursu. Pierwsze punkty wywalczył w drugim konkursie Pucharu Świata w Engelbergu, gdzie był 27.
21 lutego 2009 zadebiutował w mistrzostwach świata w Libercu, na skoczni normalnej zajął 36. miejsce. W konkursie drużynowym wraz z Adamem Małyszem, Kamilem Stochem i Stefanem Hulą zajął czwarte miejsce.
21 marca 2009 pierwszy raz w karierze stanął na podium Pucharu Świata, zajmując wraz z kolegami z reprezentacji drugie miejsce w konkursie drużynowym rozgrywanym na skoczni Letalnicy w Planicy.
Rekord życiowy Łukasza Rutkowskiego to 203 metry uzyskane podczas treningu przed I konkursem indywidualnym PŚ w lotach narciarskich na skoczni Kulm w Tauplitz 8 stycznia 2010. W konkursie na tej skoczni, który odbył się dzień później, zajął 13. pozycję (najwyższą w karierze). Miejsce 13. w Pucharze Świata zajmował jeszcze dwukrotnie – 16 i 17 stycznia 2010 na skoczni Ōkurayama w Sapporo.