Delegacja pod przewodnictwem biskupa Pawła Sochy 23 marca 2001 r. przybyła do Pragi, skąd za zgodą arcybiskupa praskiego, kardynała Miloslava Vlka przywiozła partykuły relikwii Pięciu Braci dla kościołów pod ich wezwaniem, w tym i dla budowanego sanktuarium w Międzyrzeczu. W kościele św. Wojciecha 11 listopada 2001 r. odbyła się uroczysta intronizacja relikwii.
Od 16 lutego 2002 do 11 kwietnia 2003 r. trwała peregrynacja relikwii Męczenników Międzyrzeckich po parafiach diecezji zielonogórsko-gorzowskiej.
14 czerwca 2003 w Międzyrzeczu z udziałem Konferencji Episkopatu Polski odbyły się uroczystości millenium śmierci Pierwszych Męczenników Polski, podczas których został odczytany okolicznościowy list Jana Pawła II.
13 listopada 2012 biskup Stefan Regmunt ustanowił kościół parafialny pw. Pierwszych Męczenników Polski w Międzyrzeczu sanktuarium. Opiekę nad sanktuarium jako kustosz sprawuje ks. Kamil Szymczak SAC, jednocześnie pełniąc obowiązki proboszcza parafii. Święto patronalne przypada 13 listopada.
Historia kultu