Start do blisko 11-dniowej misji odbył się 30 października. 2003 – został dowódcą oddziału rosyjskich kosmonautów. 2005 – rozpoczął szkolenie w grupie kosmonautów kandydujących do lotów na Międzynarodową Stację Kosmiczną w ramach 15, 16 i 17 ekspedycji, ale ostatecznie nie wziął udziału w żadnej z tych misji. 2006 – w czerwcu wspólnie z Olegiem Skripoczką oraz Olegiem Artiemiejewem w Sewastopolu na Ukrainie przeszedł trening na wypadek nieprzewidzianego lądowania Sojuza na wodzie. 2007 – 12 lutego został mianowany przez NASA dowódcą załogi rezerwowej 18 stałej załogi ISS, której start zaplanowano na październik 2008. 2008 – 11 lutego NASA oficjalnie ogłosiła skład podstawowej załogi Ekspedycji 19, którą po raz pierwszy rozbudowano do 6 astronautów. Łonczakow w maju 2009 miał dowodzić statkiem kosmicznym Sojuz TMA-15, a po przycumowaniu do ISS pełnić funkcję inżyniera pokładowego stacji. W maju jednak lekarze wycofali z podstawowej załogi Ekspedycji 18 Saliżana Szaripowa. W tej sytuacji automatycznie jego miejsce zajął Jurij Łonczakow.