W 1989 roku Ruch Zawiszacki stanął w obliczu zmian w ruchu harcerskim – 25 lutego 1989 r. powstał Związek Harcerstwa Rzeczypospolitej (na I Zjeździe ZHR jego Naczelnikiem został wybrany Krzysztof Stanowski, były wychowanek M. Bobrzyńskiego i instruktor lubelskiej "Zawiszy", który nie podjął działalności w Ruchu Zawiszackim). Narodziło się pytanie, czy się do niego włączyć. Ostatecznie zdecydowano się powołać do życia odrębne Stowarzyszenie Harcerstwa Katolickiego „Zawisza”.
Decyzja ta została wyjaśniona w materiale informacyjnym Ruchu w sposób następujący: „W momencie pojawienia się inicjatywy zawiązania Związku Harcerstwa Rzeczpospolitej Ruch Zawiszacki był zaproszony do współpracy w jego tworzeniu, a przedstawiciele Ruchu brali czynny udział w tych pracach. Warunkiem włączenia się do nowego Związku było jednak samorozwiązanie się Ruchu. Takiego warunku nie przyjęło kierownictwo Ruchu, nie ze względów ambicjonalnych, ale uznając, że wypracowane do tej pory zawiszackie rozwiązania zasługują na ich kontynuowanie i dalszy rozwój. Pozostałe bowiem, działające w Polsce, niezależne organizacje harcerskie, jakkolwiek bazują na tradycyjnym haśle służby Bogu i Polsce, praktycznie w swych programach nie ujmują treści religijnych i nie zakładają religijnej formacji swych uczestników.