Po zakończeniu I wojny światowej prace projektowe i rozwojowe nad samolotami zakończono, skupiając się na opracowaniu kierowanych pocisków rakietowych takich jak: RAE Target – projekt kierowanego pocisku rakietowego klasy ziemia-ziemia opracowany na początku lat 20. RAE Larynx – projekt kierowanego pocisku rakietowego klasy ziemia-ziemia opracowany na początku lat 20.
Podczas II wojny światowej w RAE Farnborough pracowano nad rozwiązaniem problemów z silnikami lotniczymi. To właśnie tam będąca wówczas młodym inżynierem Beatrice Shilling opracowała „zwężkę panny Shilling” nazywaną też „zwężką Tilly” (Tilly to zdrobnienie od Beatrice), mały metalowy krążek z otworem, który zapobiegał odpływowi paliwa, a następnie zalewaniu nim gaźników silników lotniczych Rolls-Royce Merlin. Silniki te wykorzystywano ówcześnie do napędu myśliwców Hurricane i Spitfire walczących podczas bitwy o Anglię. Nieco później w skład struktur RAE weszła firma Marine Aircraft Experimental Establishment zajmująca się rozwojem wodnosamolotów, a następnie całe połączone przedsiębiorstwo zostało przeniesione z Anglii Wschodniej do Szkocji.
W 1946 rozpoczęto przebudowę bazy lotniczej RAF Thurleigh dla potrzeb RAE Bedford.