Udało mu się uciec i przyłączyć się ponownie do oddziałów szwedzkich, gdzie rozpoczął służbę jako chorąży w pułku dragońskim w armii brata króla Karola Gustawa, księcia Adolfa Jana.
Pozostając w armii szwedzkiej, Gordon, jako żarliwy zwolennik Stuartów, zaplanował w 1658 wraz z innymi Szkotami w służbie polskiej i szwedzkiej zamach na życie ambasadora angielskiego w Moskwie Richarda Bradshawa, którego posądzano o udział w trybunale sądzącym króla Karola I. Ambasadora miano zamordować, gdy podróżował przez Prusy Królewskie, zamach się jednak nie udał, gdyż Bradshaw miał zbyt silną obstawę.
22 listopada 1658 Gordon został po potyczce pod Sztumem ponownie wzięty do niewoli przez Polaków i wstąpił znów do polskiej armii – do szwedzkiej już nie powrócił.
Wojna polsko-rosyjska 1654–1667 W czasie swych perypetii w różnych wojskach potopu szwedzkiego Gordon poznał chorążego koronnego Jana Sobieskiego, który mu udzielił poparcia, dzięki czemu Szkot dostał się jako kapitan do przybocznego pułku dragonii hetmana Jerzego Lubomirskiego, gdzie dokładnie poznał jego charakter i działalność, opisując go później (bardzo pochlebnie) w swych pamiętnikach.