W tym czasie (prawdopodobnie w 1704) spłonęła doszczętnie dubicka cerkiew; ocalała tylko jedna ikona (Matki Bożej Opiekuńczej) – fakt ten upamiętniono zmianą wezwania parafii na „Protekcji Najświętszej Panny” (co potwierdzają dokumenty z wizytacji generalnej z 1727). Cerkiew została odbudowana w latach 1727–1729. W I połowie XVIII w. parafia obejmowała wsie: Dubicze, Czechy, Grabowiec, Jelonkę, Kuraszewo, Orzeszkowo, Rutkę, Tofiłowce, Drugie Tofiłowce i Werstok. W 1769 w Werstoku zbudowano cerkiew.
Po III rozbiorze Polski parafia weszła w skład unickiej diecezji supraskiej, utworzonej w 1797 przez władze pruskie. W Werstoku, który znalazł się w zaborze rosyjskim, erygowano w 1798 oddzielną parafię. Po przyłączeniu Białostocczyzny do Rosji i likwidacji diecezji supraskiej, parafię dubicką włączono w 1809 do diecezji brzeskiej, a w 1828 – do unickiej diecezji litewskiej. Po synodzie połockim (1839) parafia weszła w skład eparchii litewskiej Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.