Po wybuchu II wojny światowej i przyłączeniu Białostocczyzny do ZSRR ziemia cerkiewna została rozparcelowana (pozostawiono tylko grunty pod zabudowaniami), a na parafię nałożono wysokie podatki. W 1940 parafia w Starym Korninie odzyskała samodzielność. W marcu 1941 parafię dubicką włączono do nowo utworzonego wikariatu brzeskiego, na czele którego stał biskup Benedykt (Bobkowski). W czasie walk niemiecko-radzieckich (24–26 czerwca 1941) prawie cała wieś (w tym cerkiew i zabudowania parafialne) uległa spaleniu. Nie chcąc dopuścić do likwidacji parafii, wierni wraz z proboszczem zwrócili się do władz niemieckich z prośbą o przekazanie budynku na tymczasową świątynię. Władze przekazały pożydowski dom w Orli, który następnie przewieziono do Dubicz i urządzono w nim prowizoryczną cerkiew, która służyła parafianom aż do 1952.
W 1946 przystąpiono do budowy nowej drewnianej świątyni parafialnej. Dzięki dużej ofiarności wiernych, podstawowe prace wykonano do 1948. W 1952 w cerkwi odprawiano już wszystkie nabożeństwa. 17 września 1954 definitywnie zakończono budowę, a 14 października 1955 metropolita Warszawy i całej Polski Makary dokonał konsekracji świątyni.