X Odznaczony został Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, Krzyżem Niepodległości i Złotym Krzyżem ZasługiNa podstawie klepsydry Przez Prezydenta RP w 1938 został odznaczony, za wybitne zasługi, Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia PolskiExpress Kujawski Nr 261 z 15 listopada 1938, str. 12.. Jego żoną była Maria Marcinkowska z Włoszczowy.
11 listopada 1939 wraz z przedstawicielami włocławskiej inteligencji został zamordowany przez Niemców. Jego ciało odkryto w 1945 w zbiorowej mogile w rejonie miejscowości Grzmiąca, kilkanaście kilometrów od Włocławka. Ogółem w trzech miejscach w rejonie Włocławka (Widoń, Grzmiąca, Pińczata) podczas ekshumacji przeprowadzonych po wojnie odnaleziono 184 ciała. Zidentyfikowano zaledwie 38 osób. Po ekshumacji w 1945 pochowano go na Cmentarzu Komunalnym we Włocławku, wśród innych ofiar zamordowanych przez hitlerowców.
W 2012 ukazała się publikacja autorstwa prof. Witolda Stankowskiego Witold Mystkowski ostatni prezydent miasta Włocławka Drugiej Rzeczypospolitej. Życie — działalność — losyWitold Mystkowski.