Działalność parafii przerwał wybuch I wojny światowej i udanie się większości wiernych na bieżeństwo.
Po zakończeniu wojny i odzyskaniu przez Polskę niepodległości parafia w Maleszach przestała być etatową. Dopiero w 1929 nadano jej status etatowej filii parafii św. Archanioła Michała w Bielsku Podlaskim, po przyłączeniu do niej części miejscowości po zlikwidowanych parafiach w BrańskuWierni z Brańska w okresie międzywojennym należeli do parafii w Czarnej Cerkiewnej. i Hodyszewie. Po takim powiększeniu terytorialnym, w 1936 liczba wiernych placówki filialnej w Maleszach wynosiła 1957 osób.
Murowana cerkiew Świętych Piotra i Pawła uległa zniszczeniu w czasie działań wojennych w 1944. Bezpośrednio po wojnie parafia w Maleszach odzyskała samodzielność, jednak około 20 rodzin zostało przymusowo przesiedlonych do ZSRR. 2 lutego 1946 oddział Narodowego Zjednoczenia Wojskowego pod dowództwem Romualda Rajsa („Burego”) zamordował 30 parafian (ze wsi Szpaki i Zanie).