W roku 1556 Gustaw I Waza nadał synowi Janowi tytuł księcia Finlandii, tym samym Finlandia zyskała swoje pierwsze godło – herb księcia Jana. Młody książę był przychylnie nastawiony do ludności tam mieszkającej. Otaczał się doradcami fińskiego pochodzenia i nadał przybrzeżnej osadzie Pori prawa miejskie. Mówiono o nim, że mówił po fińsku i dążył do oderwania tego kraju od królestwa, co nie przysparzało mu popularności w samej Szwecji. Gdy w 1562 roku zaatakował Inflanty, został przez szwedzki parlament skazany na śmierć – później jednak ułaskawiony. Później już jako król, w 1581 roku podniósł Finlandię do rangi wielkiego księstwa.
Pogranicze fińsko-rosyjskie od wieków stanowiło teren walk z Rosjanami. W 1555 doszło do bitwy pod Joutselka, w której wojska fińskie zwyciężyły. W 1570 rozpoczęła się nowa, trwająca 25 lat wojna z Rosją, zwana „czasem długiego gniewu”. Co dziesiąty mieszkaniec Finlandii mający od 15 do 50 lat został wtedy powołany do wojska. Długotrwałe działania wojenne zahamowały rozwój fińskiej gospodarki.