Wojna w Pakistanie – konflikt zbrojny między armią pakistańską i amerykańską a islamistycznymi bojówkami Al-Ka’ida i Taliban, trwający od marca 2004 w ramach tzw. wojny z terroryzmem.
Pakistańscy talibowie zaczęli zbrojną walkę, gdyż ich celem jest obalenie rządu w Islamabadzie, uwolnienie pakistańskich i zagranicznych bojowników,
Od 2004 walki toczono w górskich regionach Waziristanu. Starcia corocznie były przerywane rozejmami, jednak nie były one respektowane, w wyniku czego 14 lutego 2006 Islamski Emirat Waziristanu ogłosił niepodległość, nieuznaną na arenie międzynarodowej. Przywódcą separatystów był Haji Omar. Separatyści pasztuńscy byli wspierani przez talibów oraz Al-Kaidę. 5 września 2006 Pakistan zawarł układ pokojowy ze starszyzną Waziristanu. Jednakże w wyniku operacji lotnictwa amerykańskiego, które atakowało pogranicze afgańsko-pakistańskie, gdzie domniemanie miał ukrywać się Usama ibn Ladin, talibowie zerwali układ i w 2007 dokonali szereg ataków w tym oblężenia meczetu Lal Masjid w Islamabadzie.