Na filozofii niemieckiej oparte były inne poglądy filozoficzne Marcinkowskiego. Najwyższą władzą poznawczą był rozum. Filozofia zajmuje się najwyższym rodzajem poznania, a jej przedmiotem jest prawda absolutna. Stąd, nie powinno się jej oceniać pod względem bezpośredniej użyteczności. Dane zmysłowe nie mają samodzielnej wartości i są tylko materiałem, który musi być opracowany przez twórczego ducha. Empiryzm jest więc błędny jako zbyt jednostronny, i nie biorący pod uwagę doświadczenia wewnętrznego (duchowego). Błędna jest też filozofia zdrowego rozsądku, poprzestająca na zmysłowych przeświadczeniach.
Również poglądy Marcinkowskiego na historię wywiedzione były z heglizmu. Wyznawał on wiarę w postęp społeczny, który był rozwojem idei absolutnej w historii. Postęp ten miał charakter deterministyczny, opierając się na prawach rozwoju historycznego.
Od końca lat 50. XIX w. poglądy filozoficzne Marcinkowskiego uległy zmianie. Porzucił filozofię niemiecką, uznając ją za nadmiernie racjonalistyczną i zbliżył się do filozofii chrześcijańskiej. Zaczął też krytykować nowe prądy filozoficzne, jak darwinizm i pozytywizm.