Choroby Żyto jest bardzo podatne na rozwój sporysza powodowanego przez grzyb – buławinkę czerwoną. Spożycie zarażonego nim żyta przez człowieka lub zwierzę może powodować ergotyzm. Ergotyzm może wyrządzać zarówno szkodę fizyczną, jak i psychiczną, w tym drgawki, poronienia, martwice palców, omamy, a nawet śmierć. W przeszłości w krajach północnych, w których jako zboże głównie uprawiano i spożywano żyto, zdarzały się okresowo masowe przypadki ergotyzmu. choroby bakteryjne: ostra plamistość oczkowa, choroby wywołane przez grzyby i lęgniowce: brunatna plamistość liści, czerń zbóż, fuzarioza kłosów zbóż, fuzaryjna zgorzel podstawy źdźbła i korzeni zbóż, głownia źdźbłowa żyta, łamliwość źdźbła zbóż i traw, mączniak prawdziwy zbóż i traw, naczyniowa pasiastość liści zbóż, pałecznica zbóż i traw, pleśń śniegowa zbóż i traw, rdza brunatna żyta, rdza źdźbłowa zbóż i traw, rdza żółta zbóż i traw, rynchosporioza zbóż, septorioza żyta, sporysz zbóż i traw, śnieć żyta, zgorzel podstawy źdźbła, zgorzel siewek.