Włączenie bazy bibliograficznej w pliku następuje poprzez użycie polecenia bibliography (np. \bibliography{plik}, gdzie plik to nazwa pliku z bazą). W dokumencie systemu LaTeX odwołanie do pozycji bibliograficznej następuje za pomocą polecenia cite w sposób następujący: \cite{abramowitz+stegun}. Wpisy, do których nie ma odniesienia w tekście, domyślnie nie są włączane bibliografii (można je włączać wybiórczo w postaci \nocite{hicks2001} lub wszystkie za pomocą polecenia \nocite{*}). W jednym dokumencie LaTeX-a można wykorzystać kilka plików z bazami danych bibliograficznych, jednak należy to zrobić, podając kolejno nazwy plików oddzielone przecinkami w obrębie jednego polecenia bibliography. Jego powtarzanie jest błędem. Plik stylu jest wskazywany poleceniem bibliographystyle (np. \bibliographystyle{abbrv}). Kompilacja wymaga wielokrotnego wywołania. Najpierw samego dokumentu, potem biblioteki bibliografii, a następnie jeszcze dwukrotnego samego dokumentu. Związane jest to z utworzeniem etykiet, sortowaniem, umieszczeniem tekstu w miejscach znaczników, dodaniem