Mająca miejsce w 1997 powódź tysiąclecia doszczętnie zniszczyła budynek przy ul. Wandy 4, gdzie prowadzone były zajęcia dydaktyczne i badania naukowe związane ze specjalnością agrobiochemia. W związku z tym władze uniwersytetu podjęły decyzję o przekazaniu Instytutowi Chemii pomieszczeń po likwidowanej stołówce w DS „Mrowisko”. Z kolei Ministerstwo Edukacji Narodowej i Komitet Badań Naukowych przekazały środki na projekt oraz adaptację tych pomieszczeń dla Instytutu Chemii. W realizację projektu zaangażowani byli ze strony Instytutu głównie dr inż. Piotr Wieczorek i dr Jacek Lipok. Dwa lata później inwestycja została zakończona, a do nowoczesnych laboratoriów został przeniesiony Zakład Chemii Ekologicznej.
W 2001 roku uruchomiono trzecią specjalność na kierunku chemia – chemię środowiska. W dziedzinie dydaktycznej rozwinięto wymianę studentów z innymi uczelniami krajowymi, jak i zagranicznymi, w ramach programów MOST i Sokrates/Erasmus. W Instytucie zrealizowano prace badawcze ze środków Unii Europejskie.
Wydział Chemii (od 2008) Decyzją Senatu Uniwersytetu Opolskiego Instytut Chemii został wyodrębniony ze struktur Wydziału Matematyki, Fizyki i Chemii w 2008 roku i utworzył samodzielny wydział uniwersytecki.